給与所得者の毎月の源泉徴収税額と、一年間の給与所得総額に基づく税額を比べて、過不足額を精算する手続き。年末調整を行えば、所得税の納税は完了し、確定錐垂ﾌ手続きをする必要がない。
毎月の源泉徴収額は、給与の支払額から簡易的に算出されるが、その合計額は必ずしも納税すべき額に一致しない。年末調整では、扶養親族の告ｬや社会保険料などの保険料などによる所得税の控除額も含めて計算し、最終的な納税額を算出する。このため、年末調整を行うと、払いすぎた税金分が還付されるケースが多い。
一方、給与所得者を雇用する企業は、年末調整の結果から、「給与所得の源泉徴収票」および「退職所得の源泉徴収票・特別徴収票」を税務署に提出し、「給与所得・退職所得等の所得税徴収計算書」によって、銀行等の金融機関を通じて所得税を納付するか、国税電子錐吹E納税システム（e-Tax）を使うことができる。
加えて、翌年度の市区町村税の計算のために、「給与支払報告書」を市区町村に提出する必要がある。所得税の納付期限は、給与等の支給日の翌月10日だが、企業が納期の特例の承認を受けている場合は、7月10日および翌年1月20日の年2回となる。納期限までに納付されない場合、加算税や延滞税の対象となる。
給与所得の源泉徴収票を提出しなければならないケースは、法人の役員で支払金額が150万円を超える場合、弁護士、司法書士等で支払金額が250万円を超える場合、それ以外で支払金額が500万円を超える場合、給与等の金額が2000万円を超える場合、支払金額が50万以上で年末調整をしなかった場合などがある。
給与所得者が2か所で働いている場合は、主に働いている会社で「給与所得者の扶養控除等錐随早vを作成し、いったん年末調整を行う。その後、年末調整をした会社の源泉徴収票ともう一方の会社の源泉徴収票を添付して、給与所得者自身が確定錐垂?sう。
そのほか、「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」や「不動産の使用量等の支払調書」、「不動産等の譲受けの対価の支払調書」、「不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払調書」などを提出しなければならない場合もある。これら提出物全般を「給与所得の源泉徴収票等の法定調書」と呼び、各調書の合計額を計算したものを「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計普vという。
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