内閣官房が、国政上の機密用途で支出する費用のことで、支出に関する法律上の規定はなく、使途の公浮笳フ収書を提出する義務もない費用のこと。よって、使いみちについては一切明らかにされていない。
落Z科目上に機密費なる区分は存在しない。歴代内閣は政府答弁で、国の事務や事業を円滑に遂行するために機動的に使用する経費と説明し、高度の政治的配慮を要する問題に対処するための経費としている。
外務省の機密費流用事件(私的に流用されていた事件)をきっかけに、2002年度の落Zからは14億6165万円に減額されたものの、毎年度同額を計上している。
そのうち、12億3021万円は官房長官に一任されている金額で、残りは内閣情報調査室の費用に充てられている。
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