最終更新: 2026年10月06日
会社員でiDeCo（イデコ）に加入すると、秋に届くハガキを年末調整でどう使えばよいのか迷いがちです。iDeCoの掛金は全額が所得控除の対象ですが、個人払込の人は自分で申告しないと年末調整に反映されません。この記事では、2026年分（令和8年分）の保険料控除申告書の記入欄、控除証明書が届く時期、電子データでの提出、自営業者や転職・退職した人の扱い、還付額の計算例まで手順に沿って解説します。
この記事の結論
- 個人払込の会社員は保険料控除申告書に掛金合計を書き証明書を添付
- 給与天引き（事業主払込）なら年末調整での申告は不要
- 所得税は年末調整で戻り、住民税は翌年度分が軽くなる
この記事の目次
- 結論：イデコの年末調整は掛金の払込方法で決まる
- 前提条件：イデコの年末調整が必要な人・確定申告する人
- イデコを年末調整で申告する手順（2026年分）
- イデコの年末調整で戻るお金の計算例
- 自営業者や退職者はイデコの掛金を確定申告で控除
- イデコの年末調整でのつまずきポイント
- まとめ：イデコの年末調整は証明書の合計額を1欄に
- よくある質問
- 出典・参考資料
結論：イデコの年末調整は掛金の払込方法で決まる
iDeCoの掛金は「小規模企業共済等掛金控除」の対象で、その年に支払った掛金の全額を所得から差し引けます。会社員・公務員が年末調整で手続きするかどうかは、掛金を自分名義の口座から払う「個人払込」か、勤務先が給与から天引きして払う「事業主払込」かで決まります。
個人払込の人は、国民年金基金連合会から10月下旬に届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」の合計金額を保険料控除申告書に記入し、証明書を添付して勤務先に提出します。事業主払込の人は毎月の給与計算で掛金が控除済みのため、証明書は発行されず、年末調整での記入も不要です。
出典: No.1135 小規模企業共済等掛金控除、iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）、よくあるご質問
前提条件：イデコの年末調整が必要な人・確定申告する人
年末調整の対象になるのは、扶養控除等申告書を提出して年末まで勤務している人などです。年の途中で退職して年末に勤務先がない人や、自営業者などの国民年金第1号被保険者、第3号被保険者は、確定申告で同じ控除を受けます。第3号被保険者は、課税所得がなければ控除による節税効果はありません。
一方、年の途中で就職して年末まで勤務している人は、12月の年末調整の対象です。ただし1年間の給与の総額が2,000万円を超える人は年末調整の対象外で、iDeCoの掛金も確定申告で控除します。自分がどちらに当たるかは、勤務先から年末調整の書類が配られるかどうかでも確認できます。
| 加入者の状況 | 掛金の払い方 | 手続き | 必要なもの |
|---|---|---|---|
| 会社員・公務員（第2号） | 個人払込（口座振替） | 年末調整 | 保険料控除申告書＋払込証明書 |
| 会社員・公務員（第2号） | 事業主払込（給与天引き） | 手続き不要 | なし（毎月の源泉徴収で控除済み） |
| 自営業者など（第1号） | 個人払込 | 確定申告 | 確定申告書＋払込証明書（電子データ可） |
| 専業主婦（夫）など（第3号） | 個人払込 | 確定申告 | 課税所得がある場合のみ効果あり |
| 年の途中で退職し年末調整なし | 個人払込 | 確定申告 | 払込証明書＋源泉徴収票 |
出典: iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）、よくあるご質問、No.2665 年末調整の対象となる人
イデコを年末調整で申告する手順（2026年分）
個人払込の会社員が2026年分の年末調整でiDeCoを申告する流れは次のとおりです。記入するのは保険料控除申告書の1欄だけで、証明書がそろっていれば数分で終わります。提出期限は「その年最後に給与の支払を受ける日の前日まで」とされていますが、実務では勤務先が定める締切に従ってください。
証明書の金額は、1〜9月の払込実績に10〜12月の払込予定額を加えた1年分です。電子データは、マイナポータルを活用した「e-iDeCoサービス」に利用登録すると受け取れ、勤務先が電子データでの年末調整に対応していれば、紙の証明書の代わりに提出できます。
| 手順 | 時期の目安 | やること | 必要なもの |
|---|---|---|---|
| 1 証明書を受け取る | 10月下旬（一括発行） | ハガキ、またはe-iDeCoで電子データを受け取る | 小規模企業共済等掛金払込証明書 |
| 2 申告書を準備 | 勤務先の案内後 | 令和8年分給与所得者の保険料控除申告書を用意（紙・年調ソフト等） | 勤務先指定の様式 |
| 3 金額を記入 | 勤務先の締切まで | 「確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金」欄に証明書の合計金額を記入 | 証明書の合計金額 |
| 4 添付して提出 | 最後の給与支払日の前日まで | 証明書を添付、または電子データを提出 | 払込証明書 |
| 5 結果を確認 | 年末調整後 | 源泉徴収票で小規模企業共済等掛金の額を確認 | 源泉徴収票 |
出典: A2-3 給与所得者の保険料控除の申告、令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書の記載例、iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）
イデコの年末調整で戻るお金の計算例
所得税の軽減額は「年間掛金×所得税率×1.021（復興特別所得税2.1％分）」、住民税の軽減額は「年間掛金×10％」が目安です。住民税の所得割は前年の所得で計算されるため、2026年分の掛金による軽減は2027年度の住民税に反映されます。控除によって所得税率の区分をまたぐ場合は、表の金額より小さくなります。
下の表は課税所得と掛金の組み合わせ別の試算です。所得税の分は年末調整の精算で給与と一緒に戻り、住民税の分は翌年度の住民税が軽くなる形で受け取ります。住民税の課税所得は所得税と控除額が一部異なるため、実際の軽減額は多少前後します。所得税率が高い人ほど同じ掛金でも軽減額は大きく、パターンCでは年間の軽減額が掛金の約3割に達します。
| パターン | 課税所得・所得税率 | 所得税の軽減（年末調整） | 住民税の軽減（翌年度） | 合計 |
|---|---|---|---|---|
| A 月5,000円（年6万円） | 150万円・5％ | 60,000×5％×1.021＝3,063円 | 60,000×10％＝6,000円 | 9,063円 |
| B 月1万円（年12万円） | 300万円・10％ | 120,000×10％×1.021＝12,252円 | 120,000×10％＝12,000円 | 24,252円 |
| C 月2万円（年24万円） | 500万円・20％ | 240,000×20％×1.021＝49,008円 | 240,000×10％＝24,000円 | 73,008円 |
出典: No.2260 所得税の税率、個人住民税、No.1135 小規模企業共済等掛金控除
自営業者や退職者はイデコの掛金を確定申告で控除
自営業者などの第1号被保険者や、年末調整を受けない人は、確定申告書の「小規模企業共済等掛金控除」欄に払込証明書の合計金額を記入し、証明書とあわせて申告します。電子データを受け取った人は、e-Taxへ直接アップロードできます。令和8年分の確定申告書を令和9年1月1日以後に提出する場合は、証明書の添付・提示に代えて、一定の事項を記載した明細書を添付する方法も認められています。
年の途中で退職して年内に再就職しなかった人は、死亡退職や12月の給与支払後の退職などの例外を除き、年末調整の対象外です。この場合は、退職した勤務先から受け取る源泉徴収票とiDeCoの払込証明書を手元にそろえ、翌年の確定申告で小規模企業共済等掛金控除を申告します。
出典: No.1135 小規模企業共済等掛金控除、iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）、No.2665 年末調整の対象となる人
イデコの年末調整でのつまずきポイント
初回の掛金納付が10月以降の人は、証明書が納付月の翌月（11月下旬・12月下旬・翌1月下旬の追加発行）に届くため、年末調整に間に合わないことがあります。その場合は翌年に確定申告をすれば控除を受けられます。証明書をなくした、届かないといった場合は、加入手続きをした受付金融機関（運営管理機関）に再発行を申し出ます。
転職した人は、個人払込なら証明書が1年分の掛金をまとめて証明するため、年末に在籍する勤務先の年末調整で申告します。退職して年内に再就職しない人は前の項目のとおり確定申告で控除します。年末調整の書類を出し忘れた場合も、翌年の確定申告で控除を受けられます。
- 事業主払込（給与天引き）の掛金は申告書に記入しない
- 企業型DCのマッチング拠出など給与から引かれた掛金も記入しない
- 転職で企業年金の加入状況が変わったら運営管理機関へ変更届を出す
- 令和9年1月1日以後に提出する令和8年分の確定申告書は、証明書の代わりに明細書の添付も可能
出典: iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）、よくあるご質問、No.1135 小規模企業共済等掛金控除、令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書の記載例、No.2665 年末調整の対象となる人
まとめ：イデコの年末調整は証明書の合計額を1欄に
個人払込でiDeCoに加入している会社員は、10月下旬に届く払込証明書の合計金額を保険料控除申告書の個人型年金加入者掛金欄に記入し、証明書を添付して提出すれば控除を受けられます。事業主払込なら手続きは不要です。年末調整に間に合わなかった場合や、自営業者・退職者は確定申告で同じ控除を受けられるので、証明書は申告が終わるまで保管しておきましょう。
出典: iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）、よくあるご質問
よくある質問
Q. 確定拠出年金の企業型も年末調整で申告が必要ですか？
A. 企業型確定拠出年金で加入者が負担する掛金（マッチング拠出）が給与から差し引かれている場合は、給与計算の段階で控除されています。国税庁の令和8年分の保険料控除申告書の記載例でも、給与から差し引かれた掛金は記載しないとされています。
Q. iDeCoの控除証明書が届かない場合は？
A. 初回の納付が10月以降の人は、11月下旬以降の追加発行で届きます。発行時期を過ぎても届かない、紛失した場合は、加入手続きをした運営管理機関に再発行を申し出ます。記載内容や発送スケジュールは国民年金基金連合会のコールセンター（0570-003-105）でも確認できます。
Q. 年末調整に間に合わなかったらどうなりますか？
A. 年末調整で申告できなかった掛金も、翌年に確定申告をすれば小規模企業共済等掛金控除を受けられます。iDeCo公式サイトでも、10月以降に初回納付した人で年末調整に間に合わない場合は確定申告が必要と案内されています。払込証明書を添付して申告しましょう。
Q. iDeCoで住民税はいつ安くなりますか？
A. 個人住民税の所得割は前年1月1日から12月31日までの所得で計算されるため、2026年中に払った掛金の控除は2027年度の住民税に反映されます。所得割の税率は10％なので、年12万円の掛金なら約1万2,000円の軽減が目安です。
Q. iDeCoの控除証明書は電子データで年末調整に使えますか？
A. 使えます。マイナポータルを活用したe-iDeCoサービスに利用登録すると、控除証明書の電子ファイルを受け取れます。勤務先が電子データによる年末調整に対応している場合に利用でき、データ形式などは勤務先の年末調整担当部署に確認するよう案内されています。
出典・参考資料
- No.1135 小規模企業共済等掛金控除（国税庁、2026-10-06閲覧）
- A2-3 給与所得者の保険料控除の申告（国税庁、2026-10-06閲覧）
- 令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書の記載例（国税庁、2026-10-06閲覧）
- iDeCoのライブラリ（所得控除の手続き・令和8年分発行スケジュール）（国民年金基金連合会、2026-10-06閲覧）
- よくあるご質問（国民年金基金連合会、2026-10-06閲覧）
- No.2260 所得税の税率（国税庁、2026-10-06閲覧）
- 個人住民税（総務省、2026-10-06閲覧）
- No.2665 年末調整の対象となる人（国税庁、2026-10-06閲覧）
本記事は制度・商品の一般的な情報を、記載日時点の公的機関・事業者の公開資料に基づいてまとめたものです。税務・年金・保険・投資の個別の判断は、税理士・社会保険労務士・ファイナンシャルプランナー等の専門家、または所管の窓口にご確認ください。金融商品の価値は変動し、元本を割り込むことがあります。
